Tout commence en 1989, quand une pluie de météorites s’abat sur Smallville, dévastant cette petite ville du Kansas. Une catastrophe qui va changer à jamais la destinée de ses habitants, à commencer par Jonathan et Martha Kent qui vont recueillir un bébé tombé tout droit du ciel qu’ils nommeront Clark. La jeune Lana Lang va également voir sa vie bouleversée puisque ses parents vont mourir au cours de la chute des météorites. En mémoire des défunts, elle porte un bout de Kryptonite en pendentif, ce qui ne manquera pas de causer quelques soucis à Clark quand il s’approchera d’elle. Autre personne à être marquée par les événements, c’est le jeune Lex Luthor. Agé de sept ans au moment des faits, il se retrouve prisonnier au milieu d’un champ de maïs. Encerclé par les flammes, sa tignasse rousse va brûler, c’est pourquoi, il restera chauve toute sa vie. La liste des personnes affectées par la venue de Superman va se rallonger au fil des épisodes, puisque chaque semaine un ennemi viendra affronter le jeune Clark : Jeremy Creek, un jeune homme aux pouvoirs électriques, puis un homme insecte qui s’en prend à Lana ; l’entraîneur de l’équipe de foot qui peut contrôler le feu… Bref, assez de cas bizarres pour qu’une gazette intitulée « le mur de l’étrange » finisse par s’intéresser aux prouesses du jeune Clark. Les années passent. C’est dans cette petite ville pas comme les autres que Clark grandit, aimé par ses parents adoptifs qui n’hésitent pas à lui dire toute la vérité dès que le jeune homme commence à muter. Car avec la puberté, Clark commence à ressentir des changements dans son corps : Sa force se décuple, il gagne en vitesse et sa vision commence à devenir très « perçante ». C’est à cette période qu’il va se lier d’amitié avec Lex Luthor. En effet, depuis que Clark lui a sauvé la vie, il lui en est reconnaissant. Les deux jeunes hommes vont devenir amis car ils se trouvent des points communs : Tous deux se sentent à part, comme rejetés. Lex à cause de l’usine de son père, qui est très mal vue et Clark à cause de ses pouvoirs. Les deux garçons vont s’apporter soutien et réconfort; de plus Clark considère Lex comme le frère qu’il n’a jamais eu. Alors on peut se demander pourquoi les deux meilleurs amis du monde vont devenir les pires ennemis...

Résumé de l'épisode-pilote
"The Pilot"
Octobre 1989. Smallville, une petite ville située dans le Kansas aux Etats-Unis.

Plusieurs météorites sont sur le point d'entrer en collision avec la Terre. Aujourd'hui, c'est la rentrée pour les lycéens et la plupart des résidents sont au travail.

A la périphérie de la ville, Lionel Luthor a emporté aujourd'hui Lex, son fils de 9 ans, avec lui, pour l'accompagner sur son travail. Pendant que son père se charge de ses affaires, Lex découvre un garçon d'une dizaine d'années accroché et ligoté comme un "épouvantail" (personnellement je dirait plutôt "crucifié") dans un champ de maïs. Lorsque la 1ère météorite s'écrase, le garçon disparaît et le souffle de l'impact propulse Lex dans le champ.
 

L'obscurité du ciel provoquée par les météorite attire l'attention de tout les habitants. Soudain, on assiste à une véritable pluie de météorites. Les Kent sont victime d'un accident et trouvent un bébé tombé tout droit du ciel qu’ils nomment Clark.

12 ans plus tard... 
Clark Kent est devenu un ado doué d'une force et d'une vitesse inhabituelles qu'il cache secrètement. Ses amis Chloé et Pete le taquine sur son retard et son incapacité à se comporter normalement en présence de Lana Lang. Cette dernière porte à son cou un morceau de la météorite qui tua ses parents 12 ans plus tôt. Néanmoins, elle est devenue la fille la plus populaire du lycée et sort actuellement avec Withney, la vedette de l'équipe de foot américain du lycée. Clark n'arrive pas à comprendre la soudaine faiblesse dont il est atteint à proximité de Lana. Suivant les conseils de son père, il n'a pas posté pour intégrer l'équipe de foot américain.

Lex Luthor, âgé maintenant de 21 ans, est de retour à Smallville pour affaires. Alors qu'il utilise son téléphone portable en conduisant, il sort de la route, fauchant Clark au passage. Celui-ci, intact, lui sauve la vie. Il gagne alors la gratitude de Lex et son amitié. Jonathan Kent vient chercher Clark et se comporte assez froidement avec Lex.

Cherchant à remercier Clark, Lex lui envoie une voiture, que Jonathan veut que Clark lui rende. Il s'inquiète car il préférerait qu'il ne fréquente pas les Luthor. Dans la dispute qui s'ensuit, Clark révèle à son père l'étendue de sa force et son sentiment de confusion. Jonathan lui dévoile alors la vérité sur ses origines à Clark, qui s'enfuit en courant.

Lana rencontre par hasard, Clark dans le cimetière local alors qu'elle visitait la tombe de ses parents. A présent, elle a donné son pendentif à Withney comme porte-bonheur  pour son prochain match. Ils sont alors capables de discuter normalement. Encore confus sur ce qu'il vient d'apprendre, Clark essaie quand même de la réconforter de la perte de ses parents. Ensembles, ils marchent jusqu'à la maison de Lana mais ils sont vu par Whitney, qui devient jaloux.

Le lendemain, Clark se rend chez Lex pour lui rendre les clés de son cadeau. Ce dernier lui réaffirme son amitié et sa gratitude.

Jeremy Creek (l'"épouvantail" de 1989) est de retour à Smallville après s'être réveillé du coma provoqué par la pluie de météorites. Cette dernière a aussi eu d'autres conséquences : il est maintenant doté de pouvoirs électriques dont il se sert contre les 3 footballeurs qui l'avaient rendu "épouvantail". Chloé et Pete le surprennent en plein délit et le reconnaissent. Il font par de leurs soupçons à Clark, et lui montrent aussi une gazette "Le mur de Weird". C'est un bulletin d'information qui relate les faits produits à Smallville 12 ans plus tôt. Clark lit avec horreur, fait le lien avec son arrivée et comprend que "tout est de [sa] faute"

En chemin, Clark est surpris par la Kryptonite portée par Whitney. Sa soudaine faiblesse provoquée par le pendentif révèle à Withney le pouvoir qu'il a sur Clark. Se trompant sur ses intentions sur Lana, Withney met le pendentif autour du cou de Clark. L'"épouvantail" précédent le voit mais ne fait rien pour l'aider. Son objectif est de lui donner une bonne leçon. Lex, arrive est libère Clark en lui autant le pendentif. Clark court pour arrêter l'épouvantail, quittant un Lex perplexe, avec le pendentif.

Clark rattrape l'"épouvantail et ils se battent. Les pouvoirs de ce dernier finissent par disparaître, le laissant impuissant et sans souvenir des événements récents. Plus tard, Jonathan et Clark font la paix. Clark dit à son père qu'il est content d'avoir été trouvé par eux. Jonathan lui répond : "c'est pas nous qui t'avons trouvé, c'est toi qui nous a trouvés..."