3.01 Le sang des héritiers (1 ère partie)
La 3 ème saison commence à Métropolis où Clark mène une vie plutôt dépravée (il n'hésite pas à braquer des banques par exemple), le tout sous l'influence de la kryptonite rouge. Un mafieux, Morgan Edge, lui propose de travailler pour lui. A Smallville, tout le monde se prépare pour les funérailles de Lex. Lionel soupçonne Helen de s'être débarrassé du jeune époux. En fait, Lex n'est pas mort : il vit depuis 3 mois sur une île déserte. Mais il a perdu la tête. Heureusement, un bateau finit par le repérer. Chloé, qui est la seule à savoir où est Clark, vient le voir pour le raisonner mais c'est sans effet. Jonathan se rend dans la grotte où Jor-El lui donne des pouvoirs pour qu'il aille lui-même ramener son fils. Les relations entre Lana et Chloé sont toujours aussi froides. Cette dernière finit par avouer qu'elle sait où est Clark. Martha est désespérée de ne plus avoir de nouvelles de son fils, d'autant plus que Jonathan et elle sont obligés de vendre la ferme, n'arrivant plusà joindre les 2 bouts. Furieuse contre Cholé de lui avoir caché la vérité, Lana se rend à Métropolis mais même avec elle, Clark se conduit comme un goujat. Jonathan arrive à Métropolis. Il demande à Clark de venir avec lui mais il refuse. Un combat entre le père et son fils commence alors…

3.02 Le sang des héritiers (2 ème partie)
Après un combat impressionnant, Clark finit par briser sa bague en kryptonite rouge. Avec son père, affaibli par ses pouvoirs temporaires, il rentre enfin à Smallville. Martha est réellement heureuse de revoir son fils. Lex réapparaît à Smallville. Chez son père tout d'abord. Lex l'accuse rapidement d'avoir essayé de l'éliminer. Lionel lui dit que cela ne lui aurait rien apporteré. Il lui dit qu'il ferait mieux de soupçonner Helen qui s'est depuis l'incident s'est confortablement installé au manoir. Clark explique à son père que Edge l'avait engagé pour voler la fiole de son propre sang que Lionel avait dans son bureau. Jonathan s'en débarrasse. Malheureusement, Edge vient jusqu'à Smallville pour la récupérer. Il s'en prend aux parents de Clark qui se résout à redonner de son sang. Edge le ramène à Lionel qui, lui, ignore à qui ce sang appartient. Il lui propose de lui révéler. Il kidnappe Clark mais ce dernier s'enfuit au dernier moment. Edge s'enfuit alors. Lex découvre la vérité sur Helen : elle était chargée de le tuer mais elle n'en a pas eu le courage. Elle s'apprête à réparer son erreur, mais finit par s'enfuir une nouvelle fois. Lex annonce à son père qu'il se prend à diriger avec lui la LuthorCrop. Il achète la ferme des Kents et leur offre. Lana vient voir Clark et lui dit qu'elle est assez forte pour supporter son secret mais Clark refuse de lui dire la vérité, sans lui laisser la chance d'essayer.

3.03 Le justicier
Alors qu'elle se baigne seule dans la piscine du lycée, Lana est attaqué par Jake, un autre lycéen. Elle réussit à lui échapper grâce à quelqu'un tire sur son agresseur. Chloé réalise que Jake fait partie des personnes affectées par la kryptonite (il avait le pouvoir de rester indéfiniment sous l'eau). Chloé annonce à Lionel qu'elle veut arrêter de travailler pour lui (son amitié envers Clark était trop importante). Cependant Lionel ne l'entend pas de cette oreille et menace de renvoyer son père si elle refuse de coopérer. Clark soupçonne Van, un ami de Jake. Il apprend que son père a été tué par quelqu'un qui était contaminé par la kryptonite. Il comprend que par vengeance, il veut éliminer toutes les personnes « modifiées ». En se rendant dans la cabane de Jake, Clark comprend que la prochaine cible est Lex. Il parvient à le sauver juste à temps. Lex commence à se poser des questions sur lui-même : la kryptonite ne l'aurait pas non plus modifié, vu le nombre étrange de fois où il a échappé à la mort… En voyant que Clark a arrêté une balle à la main, il décide de l'éliminer lui aussi. Il fabrique pour cela des balles de kryptonite. Il lui tire dessus… Il va ensuite voir Lana et lui révèle que Clark n'est pas non plus normal. Clark arrive. Van lui tire encore dessus et effectivement il n'est pas blessé. Clark arrête Van. Lana lui demande comment cela se fait qu'il ne soit pas blessé. Il lui montre son gilet par balle… Lionel, ayant appris que Van avait repéré les personnes contaminées (dont Lex, à tort) grâce à l'ordinateur de Chloé, menace celle-ci et la prévient de ne plus jamais enquêter sur un des membres de sa famille. Lana revient voir Clark pour lui demander de s'ouvrir à elle mais une nouvelle fois, Clark refuse, pensant que c'est mieux pour elle.

3.04 Prisonnier de ses rêves
Au Crater Lake, Clark est en train de vivre un moment proche de la perfection (il se baigne avec Lana…) quand il aperçoit une jeune fille apparemment en danger. Quand il essaye de la sauver, elle disparaît à travers le sol… Clark passe chez Lex qui essaie un sabre sur lui. La lame explose en mille morceaux. Lex lui dit qu’il va tout faire pour tout le monde sache qu’il n’est pas normal. Plus tard, Clark revoit au lycée la fille, terrorisée. Elle a à peine le temps de lui dire son nom (Sarah) qu’un monstre, « le voyageur », apparaît et l’emmène avec elle… Clark se réveille. Tout ceci n’était qu’un rêve mais perturbé par ce qui semblait être si réel, Clark apprend que parmi ses nouveaux voisins, il y a une jeune fille du nom de Sarah. Il se rend chez elle, avec Lana. En fait, elle est dans le coma et c’est son oncle qui doit s’occuper d’elle. A Métropolis, Lionel veut que son fils passe un test psychologique. Lex refuse mais finit par accepter. Clark découvre que les parents de Sarah sont riches et que Sarah étant dans le coma, c’est son oncle qui reçoit tout. Lana se rend seul chez Sarah pour empêcher son oncle de la droguer mais ce dernier drogue Lana à son tour. Pendant ce temps, dans ses rêves, Clark réussit à convaincre Sarah qu’elle seule peut stopper le voyageur en arrêtant d’avoir peur de lui. Elle finit par vaincre sa peur et prévient Clark que Lana est en danger. Il parvient à la sauver à temps. Plus tard, Lana propose à Clark d’aller se baigner à Crater Lake…